שנת 1655 שמה קץ לפריחה זו. הרוסים כבשו את העיר. רובע היהודים נשרף, וכמעט כל היהודים נמלטו מהעיר. כמה שנים לאחר מכן (1661) שחררו צבאות פולין וליטא את העיר מידי הרוסים, והיהודים התחילו לחזור לעיר. נקודת הפתיחה לשיקום הקהילה לא הייתה קלה; המספרים מעידים על כך: ב-1645 היו בוילנה 2,630 יהודים (וזאת לפני זרם הפליטים היהודים של ת"ח ות"ט), ב-1662 היו בה רק 415 יהודים. בראשית המאה ה-18 הם סבלו ממלחמה נוספת, "מלחמת הצפון" בין רוסיה לבין שבדיה (1721-1700). שני הצבאות הטילו מיסים כבדים על הקהילה. גם אסונות טבע לא חסרו - היו שריפות גדולות בעיר, וגם מגיפות. אלה פגעו באוכלוסיית העיר בכלל אך ביהודים בפרט, בהיותם מוגבלים לאיזור מוגדר, רובע היהודים (הגבלה זו בוטלה כמעט כליל ב-1783 , ובאופן סופי ב-1851). אם לא די בצרות החדשות, נמשכה הצרה הישנה של המאבק עם הסוחרים ובעלי המלאכה הנוצריים, אשר התנגדו לשילובם של היהודים במסחר ובמלאכה בעיר.

באותם ימים קשים היו בין היהודים בעלי הון אחדים אשר עזרו לקהילה להתמודד עם העירונים בענייני מסחר. הראשון ביניהם היה ר' יהודה בן אליעזר, אשר שימש כ"ספרא ודיינא" (סו"ד) בקהילה. הוא בנה בכספו בית מדרש חדש, שנקרא על שמו "קלויז היסו"ד" . השני היה אליהו בן צבי פעסעלס, נכדו של ר' משה קרעמער. הגר"א נימנה עם משפחתו.

למרות הצרות שתוארו לעיל, יש לציין נקודות אור בקהילת וילנה דאז. היהודים נהנו מאוטונומיה מלאה בענייניהם הפנימיים - "הקהל" (שמו של הארגון הקהילתי הפנימי) טיפל בצרכי היהודים מבחוץ ומבפנים - הוא ייצג את היהודים בפני השלטונות, וגבה ושילם מיסים לממשלה. כמו כן הוא טיפל בעניינים הפנימיים של היהודים - בניקיון, בבריאות, בסעד ובחינוך ברובע היהודים. דוגמאות לפעילותו הן ועדות בשם "צדקה גדולה", "בדק בית", "ביקור חולים", "גחש"א" ו"תלמוד תורה". השמות מדברים בעד עצמם.

כמו כן, וילנה של סוף המאה ה-17, ובהמשך במאה ה-18, הייתה יכולה להתגאות בגדולי התורה שבה, ביניהם:

· ר' צבי הירש מקוידנוב, בעל ספר המוסר "קב הישר";

· ר' יוסף, חתנו של ר' משה קרעמער (אבי משפחת הגר"א), בעל הספר "ראש יוסף", חידושים בהלכות ואגדות;

· ר' יקותיאל גורדון, אשר למד רפואה בפדואה והושפע מר' משה חיים לוצאטו;

· ר' עזריאל ובניו, המדקדקים בלשון העברית;

· ר' ברוך כהנא רפפורט (ר' ברוך חריף);

· ועל כולם - הגר"א, ר' אליהו הגאון מוילנה, הענק אשר אחראי יותר מכל גדול אחר לשמה של וילנה כ"ירושלים דליטא". שנות חייו - ת"פ-תקנ"ח (1797-1720). הוא הראה כשרונות לימוד בלתי רגילים מילדותו. בתחילה למד ביחידות, כשהוא נתמך בידי ועד הקהל ומעזבונו של ר' משה רבקה"ש, שהשאיר קרן לסיוע ללמדנים מבני משפחתו. משנת הארבעים לחייו התחיל להרביץ תורה בחוג למדנים מרוסיה הלבנה ומליטא שבאו לשמוע תורה מפיו. היקף למדנותו היה עצום - הוא כתב פירושים על המשנה, על מדרשי ההלכה, על התוספתא, על התלמוד הבבלי, על התלמוד הירושלמי ועל הפוסקים; הקדיש תשומת לב רבה לתנ"ך ולדקדוק השפה העברית; עסק בלימוד הקבלה; כתב פירוש על ההגדה של פסח; כתב ספר על גבולות ארץ ישראל לפי ספר יהושע ועל בניין בית המקדש. כל הספרים האלה הוצאו לאור אחרי פטירתו על ידי תלמידיו ובני משפחתו. לימודיו והתעניינותו התרחבו למדעים שונים ומגוונים, מפני שהוא סבר שהם יכולים לשמש כלי עזר ללימוד התורה. לדעתו לימוד המתמטיקה, הגיאוגרפיה והדקדוק יכול לעזור להבנת הלכות וסוגיות מסוימות בגמרא, ולכן עסק בהם אישית או עודד את תלמידיו לעשות כן.

במאה ה-19 גדלה אוכלוסיית היהודים בוילנה בעקביות - מ-6,971 בשנת 1800 ל-20,706 בשנת 1832 (בה היוו היהודים רוב מוחלט בעיר), ועד 63,996 ב-1897 (40.9% מהאוכלוסיה). אולם, למרות הגידול המספרי, הזמנים לא היו פשוטים כל עיקר. שלטון הצארים הרוסיים בוילנה (1916-1795) היה תקופת ירידה נוספת ל"קהל", הוועד האוטונומי היהודי. ב-1827 הונהג גיוס חובה לצבא ל-25 שנה. ה"קהל" היה אחראי למילוי מכסת הנערים, וכך השניא את עצמו על היהודים שגזרת הגיוס פגעה בהם או בבניהם. המכה הניצחת הגיעה ב-1844, כשהשלטונות הרוסיים ביטלו את ה"קהל" והשאירו רק "הנהלות בתי כנסת", בעלי תפקידים מצומצמים בהרבה מכוחו של ה"קהל". נוסף על כך, ממשלת הצאר ייסדה בית מדרש לרבנים, כיון שרצתה לחנך דור של רבנים נאורים אשר יאמצו את השפה ואת התרבות הרוסית. בוגרי בתי המדרש האלה היו ל"רבנים מטעם". תפקידם היה לרשום רישומים טכניים של האוכלוסייה היהודית, ולדרוש דרשות הלל לממשלת הצאר. המשכילים תמכו בהם, אך ההשפעה הדתית האמיתית נשארה בידי הרבנים המסורתיים. ב-1873 הפך בית המדרש לרבנים לבית מדרש למורים. גם במתכונת זו לא השתנתה המטרה - להפיץ את הלשון הרוסית ואת ההשכלה הכללית בקרב הנוער היהודי.

השינויים ברחוב היהודי ובהנהגה היהודית בוילנה של המאה ה-19 לא באו רק מבחוץ, מטעם הצאר. גם מבפנים, מתוך היהודים עצמם קמו תנועות שונות. מצד אחד, המרכז הראשון לתנועת המוסר היה בוילנה. ר' ישראל סלנטר, מייסד תנועת המוסר, הציע לייסד "מוסר שטיבל", חדר מיוחד בו יוכלו סוחרים עסוקים להתאסף במטרה לקיים חשבון נפש ולימוד מוסר. ה"מוסר שטיבל" הראשון נוסד בביתו של ר' זלמן בן אוריה, בפרוור של וילנה. ר' ישראל סלנטר עצמו ישב בוילנה שבע שנים

(1867-1860). הוא עזב את וילנה ב-1867 ועבר לקובנה, כדי להוריד מעליו את לחץ המשכילים שיעמוד בראש בית המדרש לרבנים הרוסי שהוזכר לעיל.

לעומת שרשי תנועת המוסר שצמחו בוילנה, היא הפכה גם למרכז תרבות עברית ואידישאית, לציונות ולמפלגות המאפיינות את סוף המאה ה-19 ואת תחילת המאה ה-20.

הרי כמה דוגמאות לכך:

· בוילנה התקבצו סופרים משכילים עבריים: אד"ם הכהן לוינסון ובנו מיכה יוסף; שמואל פין (היסטוריון של קהילת וילנה); שלמה זלקינד; קלמן שולמן ומתתיהו סטראשון.

· וילנה הייתה אחד המרכזים החשובים של התנועה הציונית: אחד העם ייסד את תנועתו "בני משה" בוילנה (1888); ועידת "חובבי ציון" התקיימה בוילנה (ב-1889); תנועת "המזרחי" נוסדה ע"י הרב יצחק יעקב ריינס בוילנה (1902), ובכך נוצרה התנועה הציונית הדתית הממוסדת.

· אולם וילנה לא הייתה רק מרכז ציוני, אלא גם מרכז סוציאליסטי-אידישאי. ארגון ה"בונד" נוסד בוילנה ב-1897 כמפלגה סוציאל-דמוקרטית יהודית. הייתה תחרות בין הזרמים ההשקפתיים השונים בוילנה. כל זרם הקים מוסדות תרבות, ספרות, חינוך ותעמולה.

ממלחמת העולם הראשונה עד השנייה

מלחמת העולם הראשונה הביאה לוילנה פליטים רבים שגורשו מאיזורים הקרובים יותר לחזית.

לאחר שהעיר נכבשה על ידי הגרמנים (יום הכיפורים ע"ו - 1916) החלה תקופה קשה של רעב, של חוסר עבודה ושל מיסים גבוהים שהוטלו על היהודים. העזרה ליהודי וילנה אורגנה על ידי "ועד הסיוע היהודי" בראשות ד"ר יעקב ויגודסקי, וכן על ידי הג'וינט. משנת 1919 עד 1922 עברה העיר מיד ליד כמה פעמים - מהגרמנים לפולנים (1919), מהם לצבא האדום הרוסי (יולי 20'), ממנו לליטאים (בין אוגוסט לאוקטובר 20' מסרו הרוסים את השלטון לליטאים), כיבוש מחדש על ידי הפולנים (אוקטובר 20') וסיפוח סופי לפולין (בראשית 1922). מאז ועד מלחמת העולם השנייה נשארה העיר בתחומה של פולין. לעובדה זו היו השלכות רבות על יהודי וילנה, שהחשובה בהן הייתה ניתוקה של וילנה וסביבתה ממדינת ליטא העצמאית. עובדה זו הייתה קשה ליהודי ליטא וליהודי וילנה גם יחד, אך כשהיא הייתה סופית - ניגשו יהודי וילנה למלאכת שיקום מוסדות הקהילה מבחינה דתית, תרבותית וכלכלית. הוקם ועד קהילה אשר בו זכו תחילה הציונים לרוב, אך מפלגות השמאל עלו בכוחם בשנות ה-30'. את העולם החרדי המשיך להנהיג ר' חיים עוזר גרודז'נסקי, אשר זכה להערכה רבה בעולם התורני. נמשכה ביתר שאת הפעילות התרבותית העניפה בעברית ובאידיש. נוסדו בתי מדרש למורים, גימנסיות, בתי ספר יסודיים, תיאטרונים, אגודות לתרבות ולספורט. כמו כן למדו באוניברסיטה בוילנה סטודנטים יהודיים רבים. האידישאים הקימו בוילנה מכון מדעי אשר אסף חומר רב של פולקלור יהודי ושל לשון האידיש. נוסף לכך נוסד חוג של סופרים צעירים באידיש ("יונג ווילנע"). וילנה הפכה מרכז לאידישאים.

מלחמת העולם השנייה והשואה

כבכל אירופה הורגשה בשנות ה-30' גם בוילנה מתיחות רבה בין היהודים לבין האוכלוסיה הכללית, הפולנית. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, במשך כמה חודשים (אוקטובר 39 - יוני 40) הייתה וילנה חלק מליטא. עם פלישת הנאצים לפולין מצאו פליטים יהודיים מפולין מפלט בוילנה, ומוסדות הקהילה עזרו להם. ביוני 1940 סופחו המדינות הבלטיות, ובתוכן וילנה, לרוסיה הסובייטית. השלטונות הסובייטים פגעו קשות במוסדות הדת והתרבות העבריים והאידישאים. ביוני 1941 נכבשה וילנה על ידי הנאצים, הוקם גטו והחלו האקציות והרציחות.

רחוב בגטו וילנה

בווילנה היו מספר תאי-מחתרת נפרדים. ב-21 בינואר 1942 הוקם "הארגון הפרטיזאני המאוחד", ה- פ.פ.או (FPO ). מפקדו היה יצחק ויטנברג וסגניו היו אבא קובנר ויוסף גלאזמן. הם באו תנועות הנוער וממפלגות שונות, מימין ושמאל. ב-1943 התאחדה המחתרת עם "ארגון המאבק יחיאל", בראשות יחיאל שיינבוים. חברי המחתרת ביצעו פעולות חבלה ונקמה בווילנה ובסביבתה.