קהילת יהודי ברטיסלווה נזכרת במאה ה-13, אך נראה שהתקיימה שם קהילה יהודית עוד לפני כן. ליהודי ברטיסלווה היו מקצועות שונים שמהם הם התפרנסו, אך הם התפרנסו בעיקר ממסחר ומעסקי כספים, והיו בהם בעלי מלאכה וכורמי יין. במהלך השנים, יהודי ברטיסלווה גורשו מהעיר לאחר שרכושם נשדד והושחת, משפחות מעטות הורשו לשוב ולרכוש בתי מגורים בעיר, הרשויות רדפו את היהודים מכל עבר והטילו מסים וגזרות על התושבים וקרו מקרים נוספים יוצאי דופן. במהלך השנים, התפלגה קהילת פרשבורג לשתי קהילות עיקריות- הקהילה האורתודוקסית והקהילה הנאולוגית .
מראשית המאה ה-20, חל שיפור במצבם החברתי והכלכלי של יהודי ברטיסלווה. רבים מהיהודים למדו באוניברסיטאות והיו להם מקצועות חופשיים. יהודים רבים השאירו חותם על חיי המסחר בעיר ובכל האזור. במלחמת העולם הראשונה גויסו מאות מיהודי ברטיסלווה לצבא אוסטרו הונגריה ו50 מהם נהרגו בקרבות .
המלחמה הגיעה לברטיסלווה במרס 1938. לאחר סיפוחה של אוסטריה לרייך הגרמני, הגיעו לברטיסלווה מאות פליטים יהודים, רובם מגרמניה ואוסטריה. יהודי העיר דאגו להם עד שהיגרו בספינות לארץ ישראל. לאחר מכן הגיעו לברטיסלווה גם פליטים יהודים משטחי צ'כיה .
באוקטובר 1938, לאחר שסלובקיה קיבלה אוטונומיה, החלו לאומנים סלובקים וצעירים גרמנים חברי ארגונים שתומכים בנאצים לפגוע בקהילת יהודי ברטיסלווה. הם פרצו לבתי כנסת ולמקומות ציבוריים, ניפצו שמשות והשחיתו רכוש ופגעו בעוברי אורח יהודים, שרבים מהם נזקקו לטיפול רפואי. בנובמבר 1938 הוגלו עשרות משפחות יהודיות ללא אזרחות סלובקית אל מעבר לגבול, לשטח שבין סלובקיה והונגריה. השלטון החרים את רכושם ומסר את דירותיהם לתושבים לא יהודיים בעיר. הקהילה היהודית בברטיסלווה התגייסה לעזרתם וסיפקה להם מזון ובגדים חמים. כעבור זמן מה, בהתערבות הקהילה וגופים בינלאומיים הורשו חלק מהם לחזור והשאר הועברו להונגריה. באותו זמן, הורחקו חברי מועצת העיר היהודים והמפלגה היהודית-לאומית הוצאה אל מחוץ לחוק .
במרס 1939 הוקמה סלובקיה העצמאית, מדינה של גרמניה הנאצית בראשות יוזף טיסו– נשיא, וויטר טוקה – ראש הממשלה, ומצב יהודיה החמיר. ברטיסלווה הפכה לבירת סלובקיה ומקום מושבם של מוסדות המנהל הציבורי. יהודי ברטיסלווה היו הראשונים מקרב יהודי סלובקיה שסבלו השפלות, רדיפות והגבלות כלכליות. בסוף 1939 נשללו רשיונותיהם של רוב הרופאים ועורכי הדין היהודים, ופקידי ציבור יהודים רבים פוטרו. פעילותם של הארגונים היהודים נאסרה מלבד הקהילות ומוסדותיהן. יהודים רבים גורשו מדירותיהם ברחובות מרכזיים בעיר, דירות שהוחרמו לטובת האנשים הקרובים לשלטון. מאות משפחות נאלצו לנטוש את דירותיהן, ולחיות ברובע היהודי הצפוף ובפרברים, בתנאים ירודים ובמחסור. השלטון פקד על הקמת "מרכז היהודים " בבטיסלווה . התלמידים היהודים סולקו מבתי הספר הכלליים והלימודים התקיימו בבתי הספר היהודים עד תחילת הגירושים למחנות ההשמדה בפולין, באביב 1942 .
בתחילת 1941, גברו המאמצים של השלטונות לקחת את רכושם של היהודים. מאות חנויות ועסקים יהודים נסגרו וחלקם הועברו לסלובקים או גרמנים. רוב יהודי העיר נותרו מובטלים. חלקם גויסו לעבודות קשות ומאות משפחות נזקקו לסיוע ממוסדות הקהילה .
שתי הקהילות, האורתודוקסית והנאולוגיות, המשיכו לפעול כמו קודם. בסוף 1939 פרש רבי עקיבא שהוא סופר מהרבנות אחרי 33 שנים שבהן הוא כיהן ועלה עם חלק מתלמידיו לארץ ישראל. בנו רבי שמואל בנימין סופר נבחר במקומו לתפקיד הכהונה של הקהילה האורתודוקסית וניהל את ישיבת פרשבורג שאליה הגיעו פחות תלמידים. הישיבה התקיימה עד קיץ 1943 .
רוב יהודי סלובקיה נרצחו בשואה וב-1942 נחצבה מנהרה מתחת לבית העלמין היהודי הישן כאשר נסלל כביש, ובית העלמין נהרס. שרידי העצמות הועברו לבית העלמין הישן ונטמנו באותו קבר יחד עם שברי מצבות. נותרה רק חלקת קבר קטנה ובה קברי החת"ם סופר (הרב משה סופר) וכמה רבנים ואנשי ציבור .
לאחר השואה, באפריל 1945, שוחררה ברטיסלווה בידי הצבא האדום והתקבצו בה מאות יהודים שיצאו ממקומות מסתור. כבר באותו החודש התחדשו חיי הקהילה בעיר. בימים הראשונים פרצה מחלוקת בין האורתודוקסים לנאולוגים (המתקנים בדת) על דרכה של הקהילה. בסופו של דבר, בספטמבר 1945 בהתערבות השלטונות, הוחלט שהקהילה תתאחד ותתנהל על פי המנהג האורתודוקסי .
לבסוף, הקהילה החדשה הקימה מקומות ובתי כנסת חדשים. היא החזיקה במוסדות ציבור רבים כמו בתי עלמין, מקווה, משחטה, מטבח ציבורי ועוד. מיד בסוף המלחמה התחדשה פעילותן של תנועות הנוער הציוניות בברטיסלווה והיו הנהגות רבות בעיר. חלק מתנועות הנוער היו "השומר הצעיר" ו"בני עקיבא ".
