סמפו סוגיהרה שימש כקונסול כללי של יפן בעיר קובנה שבליטא.
בשנת 1940, כאשר ליטא סופחה כחלק מברית המועצות, הרשויות הסובייטיות תכננו להעביר את כל הנציגים הקונסולריים הזרים מקובנה, וביניהם גם את הקונסוליה היפנית.
בליטא היו פליטים יהודיים רבים שלא הצליחו להימלט משם ורצו לברוח מאירופה. שערי העולם היו נעולים. לא הייתה אפשרות לעבור מעיר לעיר בברית המועצות ללא ויזה בעלת תוקף ליעד הסופי.
אך הכניסה לאי קוראסאו, שנמצא בים הקאריבי שהיה תחת חסותה של הולנד, לא נדרשו ויזות כניסה.
הסובייטים אישרו לפליטים לעבור דרך ברית המועצות בדרכם לאי, אך רק בתנאי שישיגו אשרות מעבר מיפן.
הקונסול סוגיהרה קיבל בקשות רבות להענקת אשרות מעבר.
על אף שממשלת יפה סירבה לבקשות, סוגיהרה החליט לפעול ולהעניק את האשרות לפליטים היהודים.
בשבועות האחרונים לפני יציאתו מהעיר קובנה הקדיש את רוב זמנו להנפקת אשרות. יהודים ותלמידי ישיבה רבים ניצלו את ההזדמנות לברוח משם.
בסופו של דבר הם הגיעו לסין, בה שהו לאורך שנות המלחמה, משם המשיכו לארה"ב ולישראל. לפי הנתונים הונפקו לפחות 1,600 אשרות.
כאשר סוגיהרה שב לטוקיו בשנת 1947, נדרש ממנו לפרוש מהשירות הדיפלומטי בגלל סירובו להישמע להוראות הממשלה שבע שנים לפני כן.
בשנת 1984 הוענק לו התואר חסיד אומות העולם מטעם יד ושם.
לימים, כשנזכר בימים הדרמתיים רוויי המתח של אוגוסט 1940, הסביר סוגיהרה בראיון לעיתון את מצבו הקשה:
"היו לי קשיים, ושני לילות נדדה שנתי. חשבתי בלבי: אני יכול להנפיק אשרות מעבר… בתוקף סמכותי כקונסול. איני יכול לתת לבני-אדם הללו למות, בני-אדם שבאו אלי לקבל עזרה כשהמוות מרחף מעל ראשיהם. יהא העונש שאקבל אשר יהיה, ברור לי כי עלי לפעול על-פי צו מצפוני."
