שמחה רותם גדל בוורשה שבפולין כבן בכור למשפחה בת ארבעה ילדים. בגיל 13 הצטרף לתנועת הנוער הציוני.
בספטמבר 1939, במהלך פלישת גרמניה הנאצית לפולין בתחילת מלחמת העולם השנייה, נפצע רותם ואיבד את אחיו ישראל ובני משפחה נוספים, כשביתו נהרס בהפצצות של גרמניה הנאצית. לאחר שיהודי העיר צוו להיכנס לגטו ורשה לקראת סוף שנת 1940, הוא נשלח בידי הוריו לקרובי משפחה בכפר ליד ראדום. הוא שהה שם שלושה חודשים ובשנת 1942 חזר לגטו.
במהלך המרד שהחל ב-19 באפריל 1943, לחם רותם בפלוגה של חנוך גוטמן באזור המברשתנים (שנקרא כך בעקבות בתי החרושת למברשות באזור), והיה תחת פיקודו של מארק אדלמן. חזותו הארית אפשרה לו לנוע בחופשיות יחסית באזור הארי, ובתמורה לכסף ששילם לעובדי עיריית ורשה, הם הובילו אותו בתעלות הביוב מהגטו אל האזור הארי וחזרה.
בתחילת מאי 1943 יצא רותם לאזור הארי על מנת לחבור ליצחק צוקרמן, סגנו של מרדכי אנילביץ', על מנת לבקש סיוע למרד. הוא גייס שני עובדי רשת הביוב הפולנית באמתלה שהוא זקוק לליווי בסבך הביוב על מנת לחלץ מבריחים פולנים שנקלעו לגטו. הם הסכימו לביצוע הפעולה בתמורה לכסף רב, אולם כשחשדו בהמשך שהמשימה היא להציל יהודים וביקשו לחזור, הוא מנע זאת מהם באיומי אקדח.
רותם הגיע לבונקרים ברחובות פרנצ'יסקנסקה, מילא, זמנהוף ונאלבקי בגטו, וגילה שם מחזה של הרס ומוות. ברגע זה הרגיש, על-פי עדותו, כמו אחרון היהודים בורשה[1]. הוא המשיך לחפש ניצולים בתעלות הביוב ולבסוף נתקל בעשרה ניצולים, שסיפרו לו לראשונה על נפילת מרדכי אנילביץ' בבונקר ברחוב מילא 18. הוא הבין מהם שעדיין נותרו בגטו עשרות לוחמים, ביניהם מנהיגי המרד צביה לובטקין ומארק אדלמן. הוא הצליח להעבירם לאזור הארי, לארגן משאית ולחלצם ליערות. רותם ידע שלוחמים נשארו בביוב ואף הוזהר על ידי לובטקין שלא לעזוב בלעדיהם, אולם הוא החליט להמשיך ליער כדי להציל את מי שכבר יצא. מספר לוחמים נשארו בתעלות הביוב, ביניהם חברו הטוב, שלאמק שוסטר. הוא חזר שוב לאזור הארי אך נאלץ לחזור חזרה ליער, כשגילה כי בעקבות הלשנה הרגו הנאצים את כל הנותרים בתעלות הביוב.
לאחר כשנה, כשפרץ המרד הפולני בוורשה, הצטרף רותם עם חבריו ללחימה. עם תום המלחמה הצטרף לפעולת קבוצת הנקם של הפרטיזנים, "הנקם", לנקמה בפושעים הנאצים, על מנת להשלים את המשימה שהרגיש לדבריו חובה לעשות, למען משפחתו וחבריו שלא זכו לשרוד את זוועות הנאצים
