ב1936 חזר לשבדיה ובעזרת קשרים משפחתיים החל לעבוד ב"חברה האירופאית לסחר", שהייתה בבעלות יהודי שבדי עשיר ממוצא הונגרי. כחלק מעבודתו בחברה זו, נשלח ראול למדינות שונות באירופה, וכמובן, למדינות שהיו תחת שלטון נאצי, שם נחשף ליחס המשפיל של הנאצים כלפי היהודים. בעקבות תפקידו רכש ניסיון בניהול משא ומתן ולמד להכיר היטב את מנגנון הבירוקרטיה הנאצי.
בזמן המלחמה הייתה שבדיה מדינה ניטרלית, שהגבילה את כניסת הפליטים היהודיים אליה, אולם לאחר שנודע יותר ויותר אודות השמדת היהודים כך פתחה המדינה יותר את שעריה בפני הפליטים.
יהודי הונגריה סבלו מאנטישמיות רבה מכיוון שהונגריה הייתה בעלת ברית של גרמניה הנאצית, אולם מצבם לא היה גרוע כמצבם של יהודים תחת שלטון נאצי ישיר. לאחר שהתערערה הברית בין הונגריה לגרמניה החל הכיבוש הגרמני ובעקבותיו 600,000 יהודי הונגריה נמצאו בסכנה ממשית. בתוך שבועות מספר החל ריכוזם ושליחתם לאושוויץ. עם היוודע הידיעות על מצבה של יהדות הונגריה, החלה שבדיה להנפיק תעודות מעבר ליהודי הונגריה, שבעזרתן הוענקה חסינות מסוימת למחזיקים בה.
לאחר שהוקמה "מועצת פליטי המלחמה", גוף שנועד לסייע בהצלת יהודים מרדיפת השלטון הנאצי, הוחלט לבחור את ראול ולנברג כנציג במועצה, כיוון שהיה בעל כישורים דיפלומטים בניהול משא ומתן והכיר את המנגנון הנאצי.
ולנברג הציג בפני ממשלת שבדיה שורה ארוכה של דרישות ומונה למזכיר הראשון בצירות השבדית, צויד בסמכויות רבות ובתקציב ניכר שנועד להצלת היהודים, שנשלחו בפקודת אדולף אייכמן לאושוויץ.
ולנברג הנפיק דרכונים שבדים מיוחדים, שהעידו כי האוחז בהם הוא בן חסותה של שבדיה, הממתין לחזור אליה. ולנברג, שהכיר היטב את הבירוקרטיה הנאצית, הקפיד להדפיס את הדרכונים כך שתהיה להם חזות מרשימה, עתירת סמלים, חותמות וחתימות.
ולנברג קיבל היתר להנפקת 1500 דרכונים מסוג זה, אולם לאחר מאמצים הצליח לשכנע את ממשלתו לתת לו אישור להנפיק 4500 דרכונים נוספים., לאחר זמן התברר כי ולנברג הנפיק למעלה מ13,000 דרכונים ליהודים.
ולנברג העסיק צוות, שמנה מספר מאות של יהודים הונגריים, ואלה שעבדו בשבילו זכו לפטור מהחובה לשאת הטלאי הצהוב על גופם.
